SET協議規定的工作流分為以下3個階段：

1.購買請求階段,持卡人選購商品,並選擇支付方式,給商家發購貨單與簽名、加密過的信託書。信託書的信用卡號是加密過的,商家不能得到。

2.支付確認階段,商家傳送信託書至收單銀行,收單銀行可解密信用卡號,用認證驗證簽名。收單銀行查問發卡銀行,核實持卡人的信用卡的真實性。屬實則發卡銀行認可並確認該筆交易,收單銀行認可商家並確認該交易,最後商家向客戶傳貨物與收據。

3.在收階段。交易成功,商家給收單銀行展示全部的交易細節索款,收單銀行根據合同劃貨款給商家。發卡銀行定期給用戶郵寄信用卡的消費賬單。

通常用SET協議環境的步驟如下:

1.持卡人用電子商務平台選擇物品,並提交訂單。

2.商家接訂單,得到初始應答消息,數字簽名後與商家證書持卡人聯繫。

3.持卡人處理應答信息,確定支付方式,確認訂單,簽發付款指令,把訂單信息和支付信息進行雙重簽名,它對雙重簽名後的信息和用支付網關公鑰加密的支付信息簽名後與自己的證書發給商家。

4.商家驗證持卡人證書和雙簽名後,得到支付認可請求,並與加密的支付信息轉給支付網關。

5.支付網關解密後取得用戶卡信息,向發卡行請求驗證持卡人的賬戶信息,並得到支付認可消息,數字簽名後發給商家。

6.商家收到支付認可消息後,驗證支付網關的數字簽名,得到購買訂單確認信息並發給持卡人。

7.至此交易過程結束。商家發送貨物或服務並讓支付網關把購物款從發卡銀行持卡人賬戶轉到收單銀行商家賬戶,支付網關轉賬後,得到取款應答消息發給商家。