基於銀行卡的電子商務服務交易支付流程如下：

1.持卡人用瀏覽器在商家服務器上看並選購商品或服務,發出訂購申請。

2.商家服務器接到訂購請求後,將服務方CA證書、支付網關CA證書發給持卡人。

3.持卡人由信任鏈驗證兩個證書後,選擇銀行卡付款，填寫支付卡信息及口令。生成付款指令連同持卡人的CA證書一起發給商家服務器。

4.商家服務器按有關信任規則驗證持卡人的證書後,把訂單信息、付款要求、CA證書、數字簽名及服務方的CA證書發給銀行卡支付網關。

5.銀行卡支付網關驗證持卡人和服務方的證書後,發給持卡人開戶行,對銀行卡授權、扣賬,再把結果送回支付網關。

6.銀行卡支付網關收到業務主機的授權答覆後,把銀行卡支付網關CA證書、授權結果同時發給商戶。

7.商家服務器收到答覆後,顺利获得信任鏈驗證銀行卡支付網關CA證書及授權信息。

8.商家服務器把送貨的方式、時間、服務方的CA證書同時送給持卡人。

9.持卡人檢驗服務方的CA證書後,保存購物信息,交易完成。

後台清算流程如下：

1.服務方定期建立劃賬請求報文,把自己的CA證書、銀行卡授權信息及加密劃賬報文送往銀行卡支付於網關,申請轉賬。

2.銀行卡支付網關收到支付信息後,顺利获得信任鏈驗證CA證書,進而代理持卡人付款,銀行卡向其他銀行的轉賬清算用已有的跨行清算機制。劃賬完成後,銀行卡支付網關將網關CA證書和劃賬匯達報文存儲,劃賬過程完成。

3.銀行代持卡人付款後,由持卡人開戶行的情況這樣處理:如為本行本地卡，支付網絡由電子支付憑證直接扣賬；如為本行異地卡,由本行清算系統處理。