分組密碼與序列密碼的不同之處主要體現在以下兩方面:

(1)分組密碼是顺利获得固定長度的分組當做每次處理的基本單元;而序列密碼是以一個字符或一個比特位當做基本處理單元。

(2)分組密碼使用不隨時間變化的確定性變換，具有擴散性好等特點，不足之處是加密處理速度慢、存在有誤傳播;而序列密碼傳播速度快、錯誤傳播少及硬件實現電路簡單等,其不足的地方是低擴散(也就是混亂不充分)、插入與修改不敏感。

針對序列密碼，现在也提出了非常多的設計原理,受到了廣泛分析,但很多研究成果並未全部公開(如今公開的有RC4、SEAL等),這可能是由於序列密碼如今重點應用在軍事、外交等機密部門的原因。

序列密碼系統的安全性由密鑰流的性能決定,當密鑰流是完全隨機的序列時,序列密碼是不可破解的:隨機序列的主要特徵是不規則性和不可預測性。若密鑰流能做到真正的隨機,這時序列密碼便為“一次一密”的密碼體制,是肯定安全的。

通用密鑰流由有限存儲和有限複雜邏輯生成，這個時候的密鑰流僅有有限個狀態,這樣的密鑰流生成器早晚得返至初始狀態而使它表現出周期性。不過若密鑰流周期夠長,隨機性也不錯,其安全強度是可得到保證的,即序列密碼的安全強度由密鑰流生成器來決定。现在,產生密鑰流最重要的部件是線性反饋移位寄存器(LFSR),這是因LFSR特別適合硬件實現、能得到較大周期與統計特性不錯的序列,以及可以用代數方法對產生的序列執行很好的分析。點擊連結分析更多相關內容。